Text with button

<p>Forskere har udviklet gensekventeringsmetoden, som kombinerer Next Generation Sequencing (NGS) og long-read sekventeringsteknologi. I mods&aelig;tning til andre sekventeringsteknikker skaber CODEC fysisk forbundne kopier af de to DNA-strenge. Dermed kopieres begge strenge samtidig og analysens n&oslash;jagtighed &oslash;ges, samtidig med at antallet af n&oslash;dvendige amplifikationer reduceres.</p>
<p style="text-align: center;"><a class="button button--blue" href="https://www.nature.com/articles/s41588-023-01376-0" target="_blank" rel="noopener">L&aelig;s hele unders&oslash;gelsen</a></p>

Text

<h2><span class="display-3">H&aring;ndtering af sp&oslash;rgsm&aring;lene om genomsekventering</span></h2>
<p>I de sidste fem &aring;rtier har genomsekventering v&aelig;ret et felt i konstant udvikling. Forskere er kommet med forskellige sekvenseringsteknikker, herunder Next Generation Sequencing (NGS) og Duplex Sequencing, for at forbedre n&oslash;jagtigheden og tilg&aelig;ngeligheden af gensekventering. Begge metoder har dog udfordringer. Ved duplex-sekventering m&aelig;rkes komplement&aelig;re DNA-strenge (den enkelte &rsquo;duplex&rsquo;) og giver n&oslash;jagtige afl&aelig;sninger, men metoden er omkostningsfuld. Ved NGS bliver metoden un&oslash;jagtig, n&aring;r man unders&oslash;ger sekvenser, der er for lange. Det betyder, at hel-genomsekventering (WGS) ved hj&aelig;lp af NGS indeholder mange fejl, hvilket man kender som st&oslash;j. For at im&oslash;dekomme dette problem opdeles genomet ofte i mindre stykker, hvilket &oslash;ger m&aelig;ngden af analysearbejde kraftigt.</p>

Image

End text

<p>En anden risiko ved sekventering er forekomsten af fejl under transskription. N&aring;r nukleotidsubstitutioner kun findes p&aring; &eacute;n DNA-streng, kan det v&aelig;re sv&aelig;rt at afg&oslash;re, om skaden opstod f&oslash;r analysen, eller om dette er en fejl som f&oslash;lge af polymerase-chain-reaction (PCR) analysen. Hvis den generelle fejlprocent er h&oslash;j, kan det blive umuligt overhovedet at skelne mellem. En yderligere udfordring ved NGS er n&oslash;jagtig detektering af guanin- og cytosin-rige sekvenser. Det er alts&aring; n&oslash;dvendigt med et stort antal amplifikationer for at have nok materiale til en n&oslash;jagtig sammenligning. Mutationer, DNA-skader og PCR-fejl vil kunne skelnes ved at sortere de komplement&aelig;re strenge og sammenligne m&aelig;ngden af fejl, hvilket ogs&aring; kan &oslash;ge b&aring;de omkostningerne og tidsforbruget.<br><br>For at l&oslash;se disse problemer samarbejdede en gruppe forskere fra University Grossman School of Medicine, New York, og University Hospitals Cleveland Medical Center, Ohio, med Cryos om at teste CODEC. I stedet for at lave separate kopier af hver streng skaber CODEC et enkelt molekyle af hele duplexet, der kan transskriberes. Hver amplifikation producerer alts&aring; nye molekyler, der best&aring;r af komplement&aelig;re strenge, som forbliver bundet. Dermed er det ikke n&oslash;dvendigt at sortere DNA-par og det vil v&aelig;re tydeligt, hvilke strenge, der blev l&aelig;st sammen. Metoden mindsker b&aring;de antallet af n&oslash;dvendige amplifikationer og &oslash;ger analysens n&oslash;jagtighed.</p>
<h2><span class="display-3">Metode </span></h2>
<p>For at teste virkningen af CODEC sammenlignet med forskellige andre WGS-metoder, analyserede forskerne de samme DNA-pr&oslash;ver med forskellige metoder. DNA-pr&oslash;verne kom fra raske somatiske celler, brystkr&aelig;ftceller, s&aelig;dceller og flydende biopsipr&oslash;ver med stigende mikrosatellit ustabilitet (MSI). Resultaterne viste, at CODEC har en lignende fejlrate som Duplex Sequencing, den mest n&oslash;jagtige af andre teknikker, men prisen per DNA-base var ca. 100 gange lavere. Desuden kr&aelig;ver CODEC 230 gange f&aelig;rre l&aelig;sninger sammenlignet med Duplex-sekventering. Antallet af n&oslash;dvendige l&aelig;sninger for at p&aring;vise pr&aelig;cise mutationer faldt med mindst 100 gange.</p>
<h2><span class="display-3">Resultater </span></h2>
<p>CODEC form&aring;ede at detektere unikke mutationer, som ellers var g&aring;et tabt i st&oslash;jen ved NGS. CODEC havde en lighed p&aring; 90-98% sammenlignet med Mutect2, der er den mest n&oslash;jagtige unders&oslash;gelse til p&aring;visning af kr&aelig;ft. CODEC detekterede ogs&aring; pr&oslash;ver med lave niveauer af MSI ved et fald p&aring; 290 gange i fejlrater sammenlignet med standard NGS. Disse resultater tyder p&aring;, at CODEC er en meget n&oslash;jagtig og omkostningseffektiv teknik til WGS.<br><br>Det er dog vigtigt at bem&aelig;rke, at CODEC stadig har un&oslash;jagtigheder og endnu ikke er et perfekt v&aelig;rkt&oslash;j. Der er stadig plads til forbedringer, men i &oslash;jeblikket er CODEC teknikken med den bedste omkostningsv&aelig;rdi for WGS. <br>Resultaterne i dette studie muligg&oslash;r en ny retning for udviklingen af gensekventeringsteknikker, da CODEC er yderst effektiv og er et omkostnings- og tidseffektivt alternativ til traditionelle sekventeringsmetoder. Evnen til n&oslash;jagtigt at analysere genetisk materiale er brugbar i flere brancher, herunder sundheds- og milj&oslash;videnskab.</p>

CODEC muliggør sekventering af "enkelt dupleks"

Headline

<p><span class="display-6">I 2022 startede Cryos et l&oslash;bende forskningssamarbejde med en gruppe forskere fra University Grossman School of Medicine, New York, og University Hospitals Cleveland Medical Center Ohio. Projektet handler om at validere metoden kaldet Concatenating Original Duplex for Error Correction (CODEC), der kan detektere unikke mutationer, som ellers var g&aring;et tabt som st&oslash;j i andre sekventeringsteknikker.</span></p>